УАПЦ на чолі з митрополитом Василем (Липківським) з моменту організаційного оформлення постійно підкреслювала свою аполітичність і лояльність до влади, чого не можна було сказати про ставлення влади до церкви. Спорадичні акції щодо "націонал-шовіністів" з 1923 р. відповідно до Постанови ЦК КП(б)У набули організованих форм. ДПУ намагається розколоти УАПЦ з допомогою всебічної підтримки одного з її братств. Було максимально використано розходження ВПЦР із братством "Жива церква", утворене у лютому
1920 р. (влилося в УАПЦ у жовтні 1921 р.). Згодом братство стало називатися "Діяльно-Христова Церква" (ДХЦ). В одній із інформацій для ЦК КП(б)У зазначалося, що "органами ДПУ були застосовані всі засоби для поглиблення розбіжностей між лідерами ВПЦР... та організаторами братства...". Результати не забарилися: у 1924 р. суперечності загострилися настільки, що в лютому 1925 р. керівників братства ДХЦ Вищим церковним судом УАПЦ виключено із складу церкви. З цього часу братство ДХЦ діяло як самостійне церковне угрупування.
У жовтні 1925 р. в Михайлівському монастирі відбувся з'їзд прихильників ДХЦ, який прийняв Церковне кредо членів братства "Діяльно-Христова Церква". Поряд з цим було засуджено керівництво УАПЦ і поставлено питання про передачу ним церковної влади новоутвореній Раді Всеукраїнської спілки братських об'єднань (ВПЦР—ДХЦ) на чолі з К.Янушевським. На початок 1926 р. ДХЦ підтримували майже 300 парафій. Наприкінці 1927 р. ДПУ вже не потребувало таких вишуканих методів розвалу УАПЦ, як розкладання її зсередини. Почався відкритий тиск. Тому не дивно, що вже 8 листопада 1927 р. прихильники ДХЦ влилися в УАПЦ і пройшли теж шлях репресій.
До 1926 р. радянська влада не реєструвала статуту УАПЦ. Це значно утруднювало її подальший розвиток. До того ж, окрім зовнішнього тиску, УАПЦ мала і ряд внутрішніх проблем, найголовніші з яких — брак достатньої кількості священиків, труднощі, пов'язані з переходом на українську мову богослужінь, організаційна слабкість церкви і часто неузгодженість дій ВПЦР та ієрархії тощо. Тому кількість громад УАПЦ (а ми можемо назвати лише приблизні числа, бо точної статистики немає) була не дуже великою. За даними ВПЦР, у 1921 р. громад УАПЦ налічувалося близько 160, у 1922 р. — 477, у 1923 р. — 981. За даними ДПУ, в 1924-1925 рр. громад було відповідно близько 1200 і 1500. Після 1925 р. кількість громад УАПЦ, як і всіх інших церков, зменшується. У 1927 р. їхня чисельність становила 1039.
Отже, можна зробити висновок, що робота партійних і державних органів з розколу й ліквідації православ'я як течії шляхом судових процесів з надуманими обвинуваченнями, всебічної підтримки всіляких опозиційних до патріаршої та автокефальної церков напрямів не принесла бажаних для більшовиків результатів. Репресивні органи більшовиків змушені були повернутися до прямолінійних, погромних методів боротьби майже зі всіма релігійними течіями. Дискримінація духовенства, повсякденні утиски з боку ДПУ відігравали не останню роль у тому, що багато священиків зрікалися духовного сану. У Мартирології українських церков наводяться такі дані про зречення духовного сану: 1927—1928- 179 осіб, 1928—1929 — 439, 1929—1930 — майже 2 000. Після гучної кампанії 1922 р. з "вилучення" (фактично грабунку) церков, з кінця 20-х років систематично знищуються храми, церковне майно, закриваються монастирі. Так, в Україні закрито молитовних будинків: у 1924—1925 роках — 46, 1926 р. — 29, 1927 р. — 58, 1928 р. — 97. (Мартирологія українських церков: У 4 т. — Торонто; Балтимор. — 1987.— Т.І.—С. 1031, 908).
Перешкоди діяльності УАПЦ, яку керівник республіканської партійної організації Л.Каганович охарактеризував як буржуазно-націоналістичну організацію, проявлялися і в тому, що уряд протягом 2,5 років не давав згоди на проведення Великих зборів ВПЦР. У церкви відбиралися храми, а кліриків безпідставно заарештовували. Зокрема, півтора місяці провели у в'язниці єпископи К.Малюшкевич, Ю.Жевченко, І.Павловський, майже три місяці пробув під арештом митрополит В.Липківський та ін. Уряд дав згоду на проведення Великих Покровських зборів ВПЦР лише тоді, коли отримав гарантії про засудження "нелояльних", "антирадянських" вчинків Президії ВПЦР. Це на деякий час зняло напруження в стосунках УАПЦ і влади — зареєстровано статут церкви, з січня 1927 р. почав виходити друком місячник "Церква і життя".
Проте це була лише видимість терпимого ставлення до церкви. Питання ліквідації УАПЦ ДПУ не знімало з порядку дня. Ієрархам Церкви не дозволялося відвідувати церковні округи, все частіше відкривалися кримінальні справи на кліриків та мирян церкви. Особливо активно проводилася дискредитація імені глави церкви — митрополита Василя (Липківського). Власне основною умовою владних структур для скликання другого Всеукраїнського церковного собору, який відбувся у жовтні 1927 р., була відставка митрополита.
Собору нічого не залишалося, оскільки у разі ігнорування цієї вимоги зібрання негайно б заборонили. Після короткої дискусії з Василя Литовського зняли "тягар митрополичого служіння". Відносна легкість, з якою собор виконав вимогу влади, пояснюється і певним протистоянням глави церкви і ВПЦР, яку на той час очолював єпископ П.Ромоданів. Основна причина розбіжностей полягала в різному баченні ієрархами церкви і ВПЦР принципу соборноправності. Адже в УАПЦ цей принцип іноді зводився до охлократії, коли священик у громаді ставав найманим робітником, требовиконавцем. Це підривало авторитет кліриків та єпископату й викликало критику з боку митрополита. Липківський полишив активну церковну діяльність, але це не врятувало його від трагічного фіналу — засудження до розстрілу в 1937 р.
З 1927 р. УАПЦ зазнає постійних втрат своїх кліриків, яким як "організаторам куркульської революції", "петлюрівцям", "петлюрівським агітаторам в автокефальних рясах" виносяться вироки: від висилки — до розстрілу. Широко було використано для нищення УАПЦ і сфабриковану справу Спілки визволення України (СВУ). У судовому процесі значне місце посідало звинувачення про органічний зв'язок УАПЦ із СВУ. Недоведеність цієї тези не зашкодила ДПУ розгорнути відкриту боротьбу проти церкви.
Зазначимо, що нищення УАПЦ з її ідеєю розбудови національної Церкви — органічне продовження розпочатої в середині 20-х років чистки КП(б)У від носіїв "націонал-ухильництва". В умовах тотальних репресій керівництво церкви було змушене прийняти рішення про саморозпуск. Наприкінці січня 1930 р. нашвидкуруч зібрані єпископи та близько 40 священиків оголосили себе надзвичайним собором і одностайно "засудили контрреволюційну діяльність" церкви, яку, нібито, вона вела в минулому десятиріччі, та ухвалили розпустити церкву. Цікаво, що "соборна" ухвала майже дослівно повторювала доповідь ДПУ про УАПЦ, яка подавалася слідством під час процесу над СВУ. У лютому припинили діяльність усі ланки ВПЦР. Через місяць по закінченні собору заарештовано, а згодом засуджено до 8 років концтаборів митрополита Миколая (Борецького).
Одразу після закінчення собору за ініціативою архієпископа Київського Малюшкевича в приміщенні Української церковної ради відбулася нарада кліру та мирян, на якій йшлося про те, щоб не розпускати парафій ліквідованої УАПЦ і організувати нову українську церкву, більш лояльну і під іншою назвою. Ініціативна група утворила Всеукраїнський організаційний церковний комітет на чолі з архієпископом Іваном Павловським. Наявність ще досить значної кількості автокефальних парафій (близько 300) змусила, очевидно, владні структури 9 червня 1930 р. дозволити цьому комітетові звернутися до уцілілих українських парафій і закликати їх об'єднатися в єдину церковну організацію. У листопаді пройшли єпархіальні собори, на яких було обрано єпископів та священиків. Вони вимушено підписали декларацію про беззаперечну покору режимові й відмову від будь-якої політичної діяльності.
9—12 грудня 1930 р. в Києві відбувся надзвичайний собор. Делегати його ще раз засудили минулу діяльність провідників УАПЦ, переглянули деякі положення, які було прийнято на соборі 1921 р., з назви церкви вилучили слово автокефальна. Главою УПЦ було обрано архієпископа Івана (Павловського) з титулом митрополита Харківського і всієї України, а до Харкова, тодішньої столиці республіки, було перенесено церковне управління. Коли в 1934 р. Київ знову стає столицею, сюди, за розпорядженням влади, повернувся й І.Павловський. Між тим, репресії проти кліру та вірних церкви не припинялися. У 1934—1935 роках було закрито практично всі кафедральні храми. Незабаром митрополит переїхав до Черкас і припинив релігійну діяльність. На 1936 р. практично всі ще не ліквідовані владою автокефальні громади визнали над собою зверхність Російської православної церкви.
Отже, розгул нечуваного беззаконня в церковних питаннях став логічним продовженням політики насильства, яка характеризувала весь період радянської влади в Україні. І коли Центральна Рада не зуміла зрозуміти потенціал релігії, зокрема православної церкви в Україні, то добре розуміння цієї ролі лідерами більшовиків викликало цілі хвилі антицерковної істерії, проголошення "безбожних п'ятирічок" з їхнього боку. Особливо доклала рук до знищення храмів і культурних цінностей, пов'язаних із культом, Спілка войовничих безвірників України, якою керувала Москва. Поряд із закриттям і знищенням церков вона організовувала збирання й спалювання церковних книг, ікон, провокувала судові процеси над священиками тощо.
За логікою речей, відкритий погром майже всіх православних течій в Україні мав би стати м'якшим після березневої 1930 р. постанови ЦК ВКП(б) "Про боротьбу з викривленнями партійної лінії в колгоспному русі", в котрій зазначалося, що Центральний Комітет вважає за необхідне відмінити неприпустимі викривлення партійної лінії в галузі боротьби з релігією, зокрема адміністративне закриття церков без згоди переважної більшості села. Однак, як і більшість постанов радянської влади, цей документ — політична декларація, далека від практичного втілення.
Із середини 30-х років набув розмаху новий політичний курс, котрий виявив себе сповна в трагічних і нечуваних репресіях. Обгрунтуванням цього курсу стала теза Сталіна про загострення класової боротьби в міру розвитку соціалізму.
У вересні 1937 р. ЦК ВКП(б) спеціальним рішенням проголосив "безбожну п'ятирічку" — до кінця 1937 р. в СРСР мало бути ліквідовано всі релігійні конфесії і навіть зовнішні прояви релігійності. Одна з головних ролей у виконанні цього завдання відводилася створеній ще у 1925 р. Спілці войовничих безбожників, на чолі з Омеляном Ярославським. Державний маховик з остаточного "викорчовування" релігії працював у кількох напрямах — знищення храмів і предметів культу та економічний, політичний і моральний тиск на православне духовенство, що в середині 30-х років переросло у фізичні репресії проти нього. Священиків позбавили виборчих прав, обкладали всіма можливими податками і в таких розмірах, щоб вони не змогли їх виконати. І тоді у них кон-фісковували майно, а сім'ю виселяли чи навіть "розкуркулювали". Тому не дивно, що священики масово зрікалися сану. Тільки за вісім місяців 1925 р. у 29 округах України таких було 315 осіб, а вже в 1929—1930 рр. — близько 2 тисяч. Але зречення від сану не рятувало людей від пильного ока НКВС. Тисячі слідчих справ в архівах підтверджують факти терору проти священнослужителів тільки за те, що вони займаються або займалися душпастирством.
Органи НКВС максимально скоротили й саму процедуру закриття храмів. Ухвалу про таке закриття могли приймати місцеві відділи НКВС на підставі несплати податку, поширення в районі епідемії, вимоги населення про закриття церкви або коли доведено, що в церкві збираються "ворожі державі" елементи. Коли врахувати, що, за переконаннями комуністів, священик та дяк — ворожі радянській державі елементи, то, отже, сама присутність їх у церкві була достатньою для закриття храму. Тому не дивно, що за дуже короткий час після прийняття таких ухвал в Україні закрито 8 тисяч церков. Тобто під час "вирішального штурму на релігію" в Україні закрито (а часто знищено) приблизно 75—80 % наявних храмів. На початок 40-х років не залишилося жодної православної церкви у Вінницькій, Донецькій, Кіровоградській, Миколаївській, Сумській, Хмельницькій областях, по одній церкві вціліло в Луганській, Полтавській, Харківській областях. Із 1710 храмів Київської області за призначенням використовувалися лише 2, із 23 монастирів — жоден, із 1435 священиків служили 3. Власне, Православна церква перестала існувати як цілісний організм. У 1936 р. залишилося лише 9% діючих культових приміщень від їхньої загальної кількості в дожовтневий період.