В основе селекционного процесса лежит искусственный отбор.
На ранних этапах развития животноводства и растениеводства человек заметил, что от лучших особей, т.е. в наибольшей степени удовлетворяющих его потребности, рождается, как правило, лучшее потомство. С этого времени человек, еще не зная законов наследственности и не владея теорией отбора, стал использовать его сознательно, оставляя для дальнейшего размножения наиболее удовлетворяющие его организмы животных или растений. Такой сознательный, методический отбор, осуществлявшийся человеком в течение многих поколений, привел к резкому изменению целого ряда признаков и свойств животных и растений, сделал их приспособленными к потребностям человека и не похожими на их диких предков. Аким образов, отбор создал новые формы организмов. В этом состоит его творческая роль.
В селекции животных особенно важна оценка по генотипу производителей. Существует несколько методов оценки наследственных качеств производителей. Наиболее точный из них – оценка их племенных (или наследственных) качеств по потомству. В результате оценки выделяются лучшие по тем или иным качествам производители. Они интенсивно используются для получения максимального количества потомства, представляющего для сельского хозяйства большую ценность.
Отбор, основанный на оценке наследственных качеств отдельных растений, используется и в растениеводстве. В этом случае для размножения отбираются лучшие линии.
Близкородственное разведение животных, так же как и принудительное самоопыление растений, часто ведут к резкому снижению жизнеспособности и плодовитости потомков. Одна из причин этого состоит в быстром повышении гомозиготности потомков, вместе с этим родственное скрещивание благодаря повышению гомозиготности способствует закреплению выдающихся качеств отдельных особей.
Высокая жизнеспособность, возникающая в результате скрещивания, называется гетерозисом.